根据《房屋建筑和市政基础设施工程竣工验收备案管理办法》，下列情形中，建设单位办理竣工验收备案时应当重新组织竣工验收的有（ ）。

选项A正确，主体结构严重质量问题必须重新组织验收。选项B错误，预验收不是法定必须步骤，未预验收不一定导致重新验收，除非影响整体合规性。选项C正确，程序违规被责令重新验收，必须执行。选项D错误，已修复合格则无需重新组织，只需确认即可。选项E错误，缺少保修书可能导致备案资料不全，需补正，但不一定直接导致重新组织竣工验收，除非严重影响验收结论。相比之下，A和C是必须重新验收的典型情形。