建设项目的安全设施可以晚于主体工程设计，但必须与主体工程同时施工、同时投入生产和使用。

根据“三同时”制度规定，生产经营单位新建、改建、扩建工程项目的安全设施，必须与主体工程同时设计、同时施工、同时投入生产和使用。选项中提到“可以晚于主体工程设计”违反了“同时设计”的要求。