根据《建设工程施工合同（示范文本）》，当通用合同条款与专用合同条款发生矛盾时，应以专用合同条款为准。

《建设工程施工合同（示范文本）》明确规定了合同文件的优先解释顺序。在解释顺序中，专用合同条款的优先级别高于通用合同条款。这是因为专用合同条款是针对具体工程项目的特殊性由发包人和承包人协商确定的，体现了双方的真实意思表示，因此当两者发生冲突时，应以专用合同条款为准。