若承包单位提交的工程款支付申请不符合合同约定，总监理工程师有权拒绝签署支付证书，并要求承包单位修正。

总监理工程师在审核工程款支付申请时，若发现申请不符合合同约定（如工程量未确认、质量不合格等），有权拒绝签署支付证书，并应要求承包单位进行修正或补充资料。