工程预付款的扣回应在工程进度款支付时同步进行，总监理工程师应在每期进度款支付证书中明确列示当期扣回的预付款金额。

工程预付款通常在工程进度款支付过程中按约定比例或方式逐步扣回。总监理工程师在签署进度款支付证书时，需要依据合同约定的扣回方式，计算并列示当期应扣回的预付款金额，以确保预付款按期收回。