在工程款支付审核中，如果承包单位申报的工程量超过监理机构核实的工程量，总监理工程师应按承包单位申报的工程量进行支付，以维护承包单位的利益。

总监理工程师应依据实际完成的、质量合格的工程量进行审核和支付。如果承包单位申报的工程量超过核实工程量，应按核实后的工程量支付，以维护建设单位的利益和造价控制的准确性，而非盲目维护承包单位利益。