根据《民法典》合同编规定，建设工程合同无效后，对于已经完成的建设工程，如果验收合格，承包人请求参照合同关于工程价款的约定折价补偿，发包人应当如何处理？

根据《民法典》第七百九十三条第一款规定，建设工程施工合同无效，但是建设工程经验收合格的，可以参照合同关于工程价款的约定折价补偿承包人。因此，C选项正确。A选项错误，因为工程合格应折价补偿；B选项错误，法律规定是参照合同约定，而非直接按市场价；D选项错误，折价补偿包含工程价款整体，而非仅材料费。