在施工过程中，若发现施工单位未按专项施工方案施工，监理工程师有权直接代替施工单位修改专项施工方案并批准实施。

监理工程师的职责是监督和审查，无权代替施工单位修改技术文件。若发现施工单位未按专项方案施工，监理工程师应下达监理通知单，要求施工单位立即改正；若需修改专项方案，应由施工单位编制修改后的方案，并按规定重新报审，经总监理工程师审查批准后方可实施。