在工程最终结清程序中，承包人应在缺陷责任期终止证书颁发后7天内，向发包人提交最终结清申请单。

根据《建设工程施工合同（示范文本）》及相关规范，承包人应在缺陷责任期终止证书颁发后14天内，向监理人提交最终结清申请单，而非7天。