在巡视检查过程中，若发现施工单位未按照专项施工方案组织施工，监理工程师应当及时向建设单位报告。

发现施工单位未按专项施工方案施工时，监理工程师首先应当要求施工单位整改；情况严重时，应当要求施工单位暂时停止施工，并及时报告建设单位。直接报告建设单位而未经过要求整改或停工的程序是不符合常规处理逻辑的，且首要动作是纠正违规行为。