在评标过程中，评标委员会发现某投标人的报价明显低于其他投标人的报价，使得其报价可能低于其个别成本的，应当直接否决其投标。

根据《招标投标法实施条例》第五十一条规定，投标报价低于成本或者高于招标文件设定的最高投标限价，评标委员会应当否决其投标。但是，对于“报价明显低于其他投标人的报价”的情况，评标委员会应当要求该投标人作出书面说明并提供相关证明材料；若投标人不能合理说明或者不能提供相应证明材料，评标委员会才应当否决其投标。因此，不能直接否决，需经过澄清和核实程序。