某建设工程项目在施工合同签订过程中，双方对合同文件的组成及解释顺序进行了约定。若双方约定的解释顺序与《标准施工招标文件》通用合同条款不一致，且该约定不违反法律法规强制性规定，则当合同文件出现矛盾时，应（ ）。

合同文件的解释顺序首先遵循当事人的约定。在《标准施工招标文件》的通用合同条款中，虽然规定了默认的优先顺序，但该规定属于任意性规范，允许当事人通过专用合同条款或其他书面形式另行约定。若双方在专用合同条款或合同协议书中对解释顺序进行了不同于通用条款的约定，且该约定合法有效，则应尊重当事人的意思自治，以双方约定的顺序为准。合同协议书是合同文件的最高优先级文件，若协议书中对解释顺序有特别约定，也应优先遵循。因此，A、C、D错误，B、E正确。