在建设工程监理合同文件中，若合同协议书与中标通知书的内容不一致，应以中标通知书为准，因为中标通知书是合同成立的关键文件。

根据《建设工程监理合同（示范文本）》及一般合同法理，合同文件的组成及优先顺序通常规定：合同协议书、中标通知书、投标函及投标函附录、专用合同条件、通用合同条件等。通常情况下，合同协议书作为双方最终签署的文件，其效力高于中标通知书。若两者不一致，应以合同协议书为准，因为它代表了双方对合同条款的最终确认和补充。中标通知书主要确认中标事实，而非最终合同条款细节。