当监理合同专用条款与通用条款发生冲突时，应以通用条款为准，因为通用条款是行业标准。

根据合同文件解释的一般原则，专用条款（或专用合同条件）是针对特定项目对通用条款的修改或补充，其效力高于通用条款。因此，当两者冲突时，应以专用条款为准。