甲建设单位与乙施工单位就中标项目签订书面合同后，双方又签订了一份背离合同实质性内容的补充协议。根据《招标投标法》第四十六条规定，该补充协议（ ）。

根据《招标投标法》第四十六条规定，招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。背离实质性内容的协议违反法律强制性规定，因此无效。