在建设工程施工合同中，若当事人约定了仲裁条款，则一方当事人向人民法院起诉的，人民法院应当裁定驳回起诉，除非该仲裁协议被认定无效。

根据《仲裁法》及相关法律规定，有效的仲裁协议排除法院的司法管辖权。若双方已达成有效的仲裁协议，一方当事人向人民法院起诉的，人民法院应当裁定驳回起诉，但仲裁协议无效的除外。