在工程索赔中，对于承包商自有施工机械因非承包商原因停工导致的损失，通常按照机械台班费中的折旧费进行计算，而非台班单价。

根据工程索赔计算原则，承包商自有机械停工损失，通常按机械折旧费或台班停滞费计算，不能按工作台班费（含运转成本）计算，因为停工期间未产生运转消耗。