当发现施工中存在违反强制性条文的行为时，监理工程师应立即发出监理通知单要求整改，若施工单位拒不整改，监理工程师应向有关主管部门报告。

违反强制性条文属于严重违规，监理工程师应立即下达监理通知单要求整改；若施工单位拒不整改或不停止施工，监理工程师有责任及时向有关主管部门报告，这是履行法定监理职责的要求。