监理通知单和工程暂停令在性质上均属于监理机构发出的指令性文件，但工程暂停令的影响范围更广，涉及施工活动的全面或局部停止。

监理通知单主要用于指出具体问题并要求整改，不影响正常的施工进度（除非整改过程本身耗时）；而工程暂停令要求停止部分或全部工程施工，对工期和成本有直接影响，属于更严厉的管理手段。两者均为指令性文件，但效力和影响范围不同。