总监理工程师签发工程暂停令后，如果建设单位不同意暂停，施工单位可以无视暂停令继续施工。

工程暂停令具有法律效力和合同约束力。总监理工程师签发暂停令后，施工单位必须执行。如果建设单位不同意，属于建设单位与监理单位之间的协调问题，施工单位不得擅自复工，否则需承担违约责任及安全风险责任。施工单位应通过监理机构或按合同约定程序解决争议，而非直接无视指令。