投标人在投标截止时间后撤回投标文件的，招标人应当退还其投标保证金，但可扣除由此给招标人造成的损失。

在投标截止时间后撤回投标文件，等同于撤销投标文件，属于违约行为。根据规定，招标人不予退还其投标保证金。招标人不仅可以没收保证金，如果保证金不足以弥补损失，还可以要求赔偿超过保证金数额的损失，但不能在“退还”的基础上扣除，而是直接“不予退还”。