下列情形中，总监理工程师应签发工程暂停令的有（ ）。

根据规范，总监理工程师应签发工程暂停令的情形包括：施工单位未按审查的施工图施工（B）、使用不合格材料（C）、存在重大安全隐患（D）。选项A“擅自变更设计”虽严重，但通常需结合具体情形，若未影响结构安全，可能先签发监理通知单。选项E“未按施工组织设计施工”一般通过监理通知单处理，除非影响质量或安全。