如果施工单位拒不执行监理单位的整改指令，监理单位有权直接对施工单位进行罚款。

根据《建设工程安全生产管理条例》第十四条规定，施工单位拒不整改或者不停止施工的，工程监理单位应当及时向有关主管部门报告，而不是直接对施工单位进行罚款。监理单位没有行政处罚权。