在施工过程中，监理工程师发现施工单位存在质量隐患时，应采取的措施包括（ ）。

当发现一般质量隐患或违规行为时，监理工程师应首先发出监理通知单，要求施工单位整改，并要求施工单位提交整改报告，同时监理工程师需对整改情况进行检查验收。选项A错误，工程暂停令适用于严重质量问题或安全事故等紧急情况，不能对所有隐患直接下达。选项E错误，只有在施工单位拒不整改或不停止施工时，监理工程师才应向有关主管部门报告。