下列情形中，建设单位应当重新组织竣工验收的有（ ）。

本题考查重新组织竣工验收的情形。A错误，未备案是违规行为，应责令限期改正，罚款，不直接导致重新验收，除非备案时发现验收不合格。B正确，备案机关发现违规，责令停止使用，重新验收。C错误，通知监督机构是程序要求，不是重新验收情形。D正确，如果验收发现严重缺陷无法整改，意味着验收不合格，需要整改后重新验收。E错误，未备案是程序违规，不直接导致重新验收。